浮现在太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代遗迹“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary·Read”在那里留有宝藏”的传说…… 来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”（海盗猎人：在现代，奔走在世界各地、寻找昔日海盗埋藏宝藏的人们通常被称为“宝藏猎人”。）们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探索海底宫殿时，1名宝藏猎人被鲨鱼群袭击后死亡。由于事出蹊跷，柯南便同灰原等人展开调查。柯南运用推理将宝藏猎人被杀事件和宝藏传说逐一解开。最大的谜团，隐藏在“海盗旗”（海盗旗：它作为18世纪的船员最不愿看到的东西，画着骷髅、代表着海盗的旗帜。）中的秘密究竟是什么？这回，高潮的舞台，被转移至海底宫殿。不过这拉娜瑟丝没有什么杀心蒙烈倒是能看出来的，从头到尾他都没从这精灵少女身上感受到什么杀机，而且一开始接触的时候她用来进攻的也是倒转的刀柄而不是刀刃，不过这也不能说明什么，偷偷潜入到这里来，怎么说都是别有用心的。
